Ngày 18 tháng 12 năm 2021, ông Phan Quốc Việt - Tổng giám đốc của công ty và hàng loạt các lãnh đạo bộ Khoa học và Công nghệ, bộ Y tế, CDC các tỉnh đã bị bắt để điều tra về hành vi nâng khống giá kit test COVID-19, chi tiền hối lộ, vi phạm quy định về đấu thầu gây hậu quả nghiêm trọng, vi phạm quy định về quản lý, sử dụng tài sản nhà nước gây thất thoát, lãng phí.[7][19][15]

Ngày 31 tháng 12 năm 2021, khi có căn cứ xác định dấu hiệu sai phạm trong việc quản lý, nghiên cứu, chuyển giao Đề tài khoa học về sản phẩm kit xét nghiệm COVID-19 tại Bộ Khoa học và Công nghệ và trong việc cấp phép đăng ký lưu hành tạm thời, cấp phép đăng ký lưu hành chính thức sản phẩm kit xét nghiệm COVID-19, việc hiệp thương giá sản phẩm kit xét nghiệm COVID-19 với Công ty Việt Á tại Bộ Y tế, Bộ Công an đã khởi tố 11 viên chức của Bộ Khoa học và Công nghệ và Bộ Y tế. Ngoài ra, các viên chức của CDC Nghệ An, CDC Bình Dương cũng bị khởi tố về tội "Vi phạm quy định về đấu thầu gây hậu quả nghiêm trọng".[20][21]

Ngày 7 tháng 1 năm 2022, Tô Ân Xô, người phát ngôn Bộ Công an cho biết 19 bị can đã bị khởi tố về các tội "vi phạm quy định về đấu thầu gây hậu quả nghiêm trọng"; "đưa hối lộ, nhận hối lộ"; "lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ". Cơ quan điều tra đã kê biên 28 bất động sản, phong tỏa tài khoản hơn 320 tỉ đồng, 100.000 USD và tạm giữ số tiền hơn 4,8 tỉ đồng do một số đối tượng có liên quan tự nguyện giao nộp.[22]

Đến đầu tháng 6 2022, hơn 60 người bị khởi tố liên quan vụ Việt Á nâng khống giá kit xét nghiệm COVID-19, trong đó có 7 quan chức thuộc Bộ Y tế, Bộ Khoa học và công nghệ cùng hàng chục lãnh đạo, cán bộ CDC, sở y tế, bệnh viện của 15 tỉnh, thành. [23]